Chùa Vĩnh Nghiêm luôn đóng vai trò là một trong những trung tâm Phật giáo của phái phái Trúc Lâm Yên Tử. Nơi đây không chỉ là chiếc cầu nối giữa Phật tử cả nước với dòng chữ Phật giáo Trúc Lâm mà còn là trụ sở của Phật giáo Trúc Lâm thời Trần gắn liền với Trúc Lâm Tam Tổ.